横須賀線と総武快速線で運用されていた113系の置き換えを目的として、1994年(平成6年)8月に量産先行車(1次車)である基本編成11両+付属編成4両の第01・02編成が落成し、同年12月3日より営業運転を開始した。 翌1995年(平成7年)11月以降には量産型となる2次車の落成が始まり、以降1999年(平成11年)11月落成の8次車までに基本編成51本、付属編成46本計745両が製造された。 本系列は国鉄-JR化以来の近郊形車両で初めての4扉構造を採用した。 それまでの近郊形車両は国鉄時代から3扉構造が踏襲されており、4扉近郊形車両は国鉄時代に導入が検討されたこともあったが実現には至っていなかった。車内の座席配置については混雑緩和を最優先とし、通勤形タイプとなるロングシート構造を基本としながら編成中の一部車両(基本編成11両中3両のみ)には遠距離旅客や観光客へ配慮したクロスシートを設けたセミクロスシート構造とした。また、基本編成のみ2階建て構造のグリーン車を組み込んでいる。 JR東日本が「新系列車両」として開発した通勤形車両209系を近郊形車両へと改良・発展させたのが本系列である. 本系列のデザイン開発はGKインダストリアルデザイン研究所によるものである。 1995年(平成7年)度通商産業省(現・経済産業省)選定グッドデザイン商品 (現・日本産業デザイン振興会所管グッドデザイン賞、商品デザイン部門)受賞。 車両の製造は川崎重工業、東急車輛製造(横浜金沢プロパティーズに社名変更後東京急行電鉄に吸収合併され消滅、事業は総合車両製作所横浜事業所に継承）、JR東日本新津車両製作所およびJR東日本大船工場(中間車12両のみ製造)で行われた(グリーン車は川崎重工業・東急車輛のみで製造)。 ただし、大船工場製は東急車輛製造から車両構体を購入し、内装組み立てや艤装作業を大船工場で行ったものである(ノックダウン生産)。 1994年より大船電車区(現・鎌倉車両センター)に集中投入、1997年からは幕張電車区(現・幕張車両センター)にも投入され、1999年(平成11年)12月4日のダイヤ改正をもって横須賀線・総武快速線のすべての113系を置き換えた。 その後本系列の動向に変化はなかったが、2006年(平成18年)3月18日のダイヤ改正より幕張車両センター(千マリ)所属の全編成の所属が鎌倉車両センター(横クラ)へ変更になった。 変更後、本系列は幕張車両センターにおいて車両留置のみとなった。また、同改正に合わせて一部の編成が国府津車両センター(横コツ)に転属し、東海道本線に転用された。 2015年(平成27年)3月に東海道本線での運用を終了し、同年5月までに国府津車両センター配置車両は鎌倉車両センターに転属。 以後は全車両が鎌倉車両センターに配置される。 本系列の後、近郊形電車の生産は「一般形電車」として統一されたE231系近郊タイプに引き継がれたが、同系列の車体の基本構造や内装デザインに大きな相違はない。